DokuWiki テンプレート上で favicon を設定するには、favicon.ico という名前で画像を用意し、以下の何れかの名前空間に保存します。
DokuWiki ロゴの変更
Bootstrap3 テンプレートでも同様です。
Bootstrap3: Customizations
favicon ファイルを作成してくれるサイトはいくつかありますが、私が使った以下のサイトは便利でした。
https://favicon-generator.mintsu-dev.com/